Navazující magisterský program Aplikované vědy v inženýrství je výzkumně orientovaný technický obor odpovídající požadavkům aplikovaného vývoje high-tech firem, špičkových výzkumných a vývojových center a akademických pracovišť. Integrální součástí studia je celosemestrální stáž ve výzkumné instituci nebo v průmyslovém podniku ČR nebo v zahraničí. Cílem programu je vychovat absolventy se solidním teoretickým základem i praktickými zkušenostmi v oblasti technické fyziky, matematiky, informatiky, měření a moderních softwarových a informačních technologií tak, aby byli okamžitě uplatnitelní ve výzkumných a vývojových odděleních jak v průmyslové, tak v akademické sféře.